Berbicara terkait Lembaga Adat yang ada di Desa Nyalian cenderung mudah untuk dikenali, karena di Desa Nyalian keberadaan masing-masing Banjar Dinas juga berstatus sebagai Banjar Adat atau Lembaga Adat, selanjutnya diwilayahi oleh 4 (empat) Desa Pakraman yang dimana pembagiannya telah diterima secara turun temurun terdiri dari :

1. Desa Pakraman Nyalian. 

               Desa Pakraman Nyalian secara biografis terletak di jantung Desa Nyalian yang mewilayahi beberapa Lembaga Adat seperti a. Banjar Adat Pekandelan, 2. Banjar Adat Geria, 3. Banjar Adat Kelodan, 4. Banjar Adat Kapit dan 5. Banjar Adat Dukuh, dengan struktur Pengurus yang ada di setiap Banjar Adat itu sendiri. Penduduk atau Krama Desa Pakraman Nyalian mengempon atau memiliki amongan Pura Kahyangan Tiga yang terdiri dari Pura Puseh, Bale Agung dan Pura Dalem. Ditambah Pura Melanting dan Pura Dalem Segening dengan sistem 1 (satu) Setra Adat (Kuburan milik adat) yang terletak di wilayah Banjar Pekandelan.

2. Desa Pakraman Uma Anyar

             Desa Pakraman Uma Anyar secara biografis terletak di ujung barat Desa Nyalian yang mewilayahi 1 (satu) Banjar Adat saja yaitu Banjar Adat Uma Anyar, dengan amongan Pura Kahyangan Tiga (Pura Puseh, Bale Agung dan Pura Dalem) dengan sistem satu Setra Adat (Kuburan milik adat). Desa Pakraman Uma Anyar terdiri dari Krama Adat Uma anyar serta Pengurus Adat dibawah kepengurusan Bendesa Adat Uma Anyar.

3. Desa Pakraman Pemenang

          Desa Pakraman Pemenang secara biografis terletak di sudut barat daya Desa Nyalian yang mewilayahi 1 (satu) Lembaga Adat saja yauitu Banjar Adat Pemenang, dengan amongan Pura Kahyangan Tiga (Pura Puseh, Bale Agung dan Pura Dalem) dengan sistem satu Setra Adat (Kuburan milik adat). Desa Pakraman Pemenang terdiri dari Krama Adat Pemenang serta Pengurus Adat dibawah kepengurusan Bendesa Adat Pemenang.

4. Desa Pakraman Tegalwangi

            Desa Pakraman Tegalwangi secara biografis terletak di sudut Barat Laut Desa Nyalian yang mewilayahi 1 (satu) Lembaga Adat saja yauitu Banjar Adat Tegalwangi, dengan amongan Pura Kahyangan Tiga (Pura Puseh, Bale Agung dan Pura Dalem) dengan sistem satu Setra Adat (Kuburan milik adat). Desa Pakraman Tegalwangi terdiri dari Krama Adat Tegalwangi serta Pengurus Adat dibawah kepengurusan Bendesa Adat Tegalwangi.    

              Selain beberapa lembaga adat diatas, Desa Nyalian juga memiliki lembaga Adat yang mengatur tentang sistem sektor pertanian yang ada di Desa Nyalian yang disebut dengan Lembaga Subak. Lembaga Subak di Desa Nyalian telah ada sejak jaman Kerajaan dengan tugas dan fungsi yang telah ditentukan berkaitan dengan kelancaran bidang pertanian yang ada di Desa Nyalian, baik secara Hasil panen maupun hasil pajak. Lembaga Subak yang ada di Desa Nyalian terdiri dari 1. Subak Gombeng Kaler, 2. Subak Gombeng Kelod, 3. Subak Tani Sari, Subak Bukit Sari.